UIB
Universitat de les Illes Balears
Master en MICROBIOLOGÍA DESCRIPTOR DE LA ASIGNATURA Año académico 2006-2007 Ficha técnica Asignatura Nombre de la asignatura: Modelos bacterianos de experimentación. Código: a cumplimentar por el Centro de Tecnologías de la Información Tipo: Optativo Nivel: Postgrado Curso: Primero Semestre: Anual Horario: Ver cronograma Máster en Microbiología Idioma: Castellano/Catalán, capacidad de comprensión lectora en inglés. Profesorado Profesor/a responsable Nombre: Dr. Rafael Bosch Contacto:
[email protected] Otros profesores/ as Nombre: Dr. Jorge Lalucat Contacto:
[email protected] Nombre: Dra. Elena García-Valdés Contacto:
[email protected] Nombre: Contacto: Nombre: Contacto: Prerrequisitos: Demostrar conocimientos fundamentales (a nivel de estudios de grado) en Bioquímica y Biología Molecular, Genética, Biología Celular, Microbiología, Fisiología Animal y Vegetal, y Química. Número de créditos ECTS: 15 Horas de trabajo presencial: 97 Horas de trabajo autónomo: 278 Descriptores: Taxonomía, ecología, genética, fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica de microorganismos modelo. Competencias de la asignatura Específicas: E16- Conocer y aprender técnicas de estudio para clarificar la taxonomía, ecología, genética, fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica de microorganismos modelo. Genéricas: G4- Adquirir la habilidad de integrar conocimientos y de afrontar problemáticas complejas, así como la de formular juicios de opinión a partir de información incompleta o limitada, en la que incluirán reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas ligadas a la aplicación de los conocimientos adquiridos y de su capacidad de emitir juicios.
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G5- Estar capacitados para comunicar las conclusiones que extraigan así como los conocimientos microbiológicos que posean , tanto a audiencias expertas como no expertas, y siempre de un modo claro y sin ambigüedades. G6- Desarrollar habilidades de aprendizaje que les permitirá continuar sus estudios de manera autónoma. Contenidos I. MODELOS CLÁSICOS DE EXPERIMENTACIÓN. 1. Gram negativos. Géneros Escherichia, Salmonella y Pseudomonas 2. Gram positivos. Géneros Bacillus, Streptococcus y Staphylococcus. 3. Otros modelos de experimentación. II. MODELOS DE EXPERIMENTACIÓN EN LAS ISLAS BALEARES. 1. Pseudomonas stutzeri 2. Pseudomonas aeruginosa 3. Klebsiella pneumoniae 4. Streptococcus pyogenes 5. Salinibacter ruber 6. Género Yersinia. 7. Bacterias oligotróficas marinas: género Alcanivorax y otros. 8. Microorganismos no cultivables. III. MÉTODOS EXPERIMENTALES BÁSICOS EN INVESTIGACIÓN MICROBIOLÓGICA. 1. El cultivo celular. Esterilidad y control del crecimiento. Enriquecimiento, aislamiento y cultivo puro. Factores físicos y químicos. Nutrientes y medios de cultivo. Cultivo continuo y discontinuo. 2. El concepto de especie bacteriana. Caracterización fenotípica. Homología DNA-DNA. Contenido GC. Filogenia del RNAr16S. 3. Fraccionamiento celular y purificación de componentes. Rotura celular. Centrifugación. Técnicas cromatográficas. 4. Visualización de macromoléculas y estructuras celulares. Electroforesis. Microscopia óptica. Microscopía electrónica. 5. Técnicas moleculares aplicadas al conocimiento del funcionamiento celular. DNA y replicación. RNAm y transcripción. Proteínas y traducción. 6. El metabolismo bacteriano. Enzimología y análisis de metabolitos (TLC, HPLC, GC-MS, RMN, ...) 7. Genómica, transcriptómica y proteómica. 8. Los microorganismos no cultivables. Técnicas para determinar quienes son: FISH y DAPI, microscopía confocal, bibliotecas genómicas, PCR y RT-PCR, DGGE, TGGE, TRFLP. Técnicas para determinar cuantos son: citometría de flujo, PCR semicuantitativa, PCR a tiempo real. Técnicas para determinar funcionalidad: autoradiografía y FISH, metagenómica. IV. TÉCNICAS BIOINFORMÁTICAS BÁSICAS EN INVESTIGACIÓN MICROBIOLÓGICA. 1. Bases de datos bioinformáticas. 2. Obtención, ensamblaje y anotación de secuencias. 3. Manipulación (traducción, restricción y ligación) de secuencias. 4. Comparación de secuencias (nucleótidos y aminoácidos), diseño de cebadores y análisis filogenético.
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Metodología y plan de trabajo del estudiante 1. Metodología de aprendizaje: Clase presencial Trabajo presencial/ autónomo: 5/5 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Todos los alumnos 2. Metodología de aprendizaje: laboratorio informático Trabajo presencial/ autónomo: 8/4 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Todos los alumnos 3. Metodología de aprendizaje: Presentación de trabajo en grupo (seminarios) Trabajo presencial/ autónomo: 16/4 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Individual, exposición ante todos los alumnos. 4. Metodología de aprendizaje: Seminarios de investigación Trabajo presencial/ autónomo: 16/90 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Todos los alumnos 5. Metodología de aprendizaje: Discusión en grupo Trabajo presencial/ autónomo: 32/0 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): No Tipo de agrupación: Todos los alumnos 6. Metodología de aprendizaje: Tutorías Trabajo presencial/ autónomo: 20/0 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): No Tipo de agrupación: Todos los alumnos 7. Metodología de aprendizaje: Trabajos teóricos Trabajo presencial/ autónomo: 0/125 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Individual 8. Metodología de aprendizaje: Trabajo informático práctico Trabajo presencial/ autónomo: 0/50 Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si Tipo de agrupación: Individual
Criterios, instrumentos de evaluación y contrato Criterios de evaluación: Se evaluará el aprendizaje de técnicas de estudio para clarificar la taxonomía, ecología, genética, fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica de microorganismos modelo. La realización de los trabajos teóricos e informático es imprescindible para aprobar la asignatura. Instrumentos de evaluación: Seguimiento y presentación de trabajo teórico Seguimiento y presentación de trabajo bioinformático Seguimiento clases teóricas y seminarios de investigación Criterios de calificación: Seguimiento y presentación de trabajo teórico, 40% Seguimiento y presentación de trabajo bioinformática, 20% Seguimiento clases teóricas y seminarios de investigación, 40%
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La evaluación se organiza mediante contrato:
No
Material didáctico para el trabajo autónomo y lecturas recomendadas Bibliografía, recursos y anexos LIBROS 1. Alef K, Nannipieri P (1998) Methods in applied soil microbiology and biochemistry. Academic Press. 2. Antoon DL y colaboradores (1996) Molecular Microbial Ecology Manual. Kluwer Academic Publishers. 3. Gerhardt P y colaboradores (1994) Methods for general and molecular bacteriology. ASM Press. 4. Hurst y colaboradores (2002) Manual of environmental microbiology. ASM Press. 5. Kreuzer H, Massey A (1996) Recombinant DNA and biotechnology. ASM Press. 6. Murray y colaboradores (1995) Manual of clinical microbiology. ASM Press. 7. Sambrook J, Russell DW (2001) Molecular cloning: a laboratory manual. CSHL Press. 8. Snyder L, Chapness W (2003) Molecular Genetics of Bacteria. ASM Press. RECURSOS 1. http://www.biodeg.uib.es/MTEMicro/recursos/Recursos.htm Página WEB elaborada por el área de Microbiología de la Universitad de les Illes Balears (UIB) con un listado exhaustivo de recursos informáticos para el estudiante de Microbiología. 2. Catálogo de revistas de la Biblioteca de la UIB (http://www.uib.es/servei/biblioteca) para la consulta de revistas relevantes en Microbiología (publicaciones de la ASM, Blackwell Scientific, Elsevier, etc, además de las revistas “Nature” y “Science”. 3. Bases de datos bibliográficos: ISI Web of Knowledge (http://0portal.isiknowledge.com.sls.uib.es ) y PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed ) Enlace a la guía docente de la asignatura
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